Identidade de Gênero é como determinada pessoa se identifica. Remete ao sentimento individual de identificação, e não necessariamente tem relação com coisas externas como nome, pronomes ou como a sociedade enxerga este indivíduo.
E quando se fala em ser visto pela sociedade, é sobre papéis de gênero e estereótipos. Há um conceito construído em volta do que é ser mulher e do que é ser homem, e grande parte da sociedade enxerga o mundo desta maneira.
O modo que as pessoas lhe veem fala sobre a sua Expressão de Gênero. Pode ter relação com características físicas ou comportamentais, inclusive com o seu modo de vestir. A expressão, no entanto, não define o seu gênero ou quem você é, e um grande exemplo é homens cis (em sua maioria não-hétero) que possuem um jeito como dito feminino.
Quando se fala sobre Alinhamento de Gênero, no entanto, ele não fala sobre a sua expressão, e não é a sua identidade de gênero em si. O alinhamento é sobre a sua conexão com algum gênero. No modelo binário de alinhamento, por exemplo, existem os alinhamentos feminino, masculino, neutro, fluído, duplo e entre outros.
Normalmente, é utilizado para nortear a não-binariedade nos conceitos binários de gênero, principalmente visando explicar o seu gênero ou ser englobade em sexualidades mono (como por exemplo hétero, lésbica e gay, que incluem e sempre incluíram pessoas não-binárias).
Existem, no entanto, outros modelos de alinhamento de gênero, como o de Sandra Bem, e o muito utilizado modelo Galactiano, que foi criado buscando explicar gêneros não-binários sem binarizar eles.